海洋微生物ZD02信号降解酶基因aiiA克隆及其生物信息学分析

生态学杂志

海洋微生物ZD02信号降解酶基因aiiA克隆及其生物信息学分析

丁贤^1**,孙威文²,张殿昌¹,翁雄¹,林黑着¹,周世宁²

(¹中国水产科学研究院南海水产研究所农业部南海渔业资源开发利用重点实验室，广州 510300; ²中山大学生命科学学院有害生物防治与资源利用国家重点实验室，广州 510275)

出版日期:2013-08-10 发布日期:2013-08-10

Cloning and bioinformatic analysis of signal-degrading enzyme gene aiiA from marine bacterium ZD02.

DING Xian^1**, SUN Wei-wen², ZHANG Dian-chang¹, WENG Xiong¹, LIN Hei-zhe¹, ZHOU Shi-ning^2

(¹Key Laboratory of South China Sea Fisheries Resources Exploitation & Utilization, Ministry of Agriculture, China; South China Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou 510300, China; ²State Key Laboratory for Biocontrol, School of Life Sciences, Zhongshan (Sun Yatsen) University, Guangzhou 510275, China)

Online:2013-08-10 Published:2013-08-10

摘要/Abstract

摘要： 根据细菌群体感应信号降解酶(AiiA)基因设计简并引物，从海洋微生物ZD02基因组中扩增编码AiiA的基因aiiA，筛选其阳性克隆，测序后分析其基因序列。结果表明：筛选到的阳性克隆ZD02aiiA序列全长753 bp(Genbank登录号：KC756214)，存在一个开放阅读框(ORF)，编码由250个氨基酸残基组成的多肽，预测分子量为28.1 kDa，蛋白等电点为4.78。由该序列推导得到的氨基酸残基序列含有一个保守结构域(Lactamase-B) (34AA～235AA)，并预测了AiiA的三级结构。以上研究为该序列的重组表达及其相关活性研究奠定了基础。

关键词: 镉, 褪黑素, , 化学形态, 水稻

Abstract: By using a pair of degenerate primers designed according to the known conserved sequence of aiiA, the gene aiiA encoding the quorum sensing signal degrading enzyme (AiiA) in the genome of marine bacterium ZD02 was amplified by PCR, and the PCR products (ZD02 aiiA) were cloned, sequenced, and analyzed. The ZD02 aiiA was 753 bp (Genbank accession number: KC756214), containing an open reading frame (ORF) which encoded a polypeptide chain AiiA of 250 amino acids residues with a molecular weight of 28.1 kDa and an isoelectric point value of 4.78. A conservative domain (Lactamase-B) (34AA-235AA) in the sequence was identified, and the 3D structure of deduced AiiA protein was further predicted. This study would provide a foundation for the expression of the sequence and its bio-activity analysis.

Key words: , rice, melatonin, Cd, chemical form.

丁贤1**,孙威文2,张殿昌1,翁雄1,林黑着1,周世宁2. 海洋微生物ZD02信号降解酶基因aiiA克隆及其生物信息学分析[J]. 生态学杂志.

DING Xian1**, SUN Wei-wen2, ZHANG Dian-chang1, WENG Xiong1, LIN Hei-zhe1, ZHOU Shi-ning2. Cloning and bioinformatic analysis of signal-degrading enzyme gene aiiA from marine bacterium ZD02.[J]. cje.

[1]	张思轩, 桑昌鹏, 李恩锐, 王少锋, 曾祥峰. 调水调沙对黄河镉入海通量和生态风险的影响 [J]. 生态学杂志, 2026, 45(6): 1993-2001.
[2]	林红梅, 江淼华, 林文雄. 镉胁迫对水稻不同生育期硅和镉吸收分配的影响 [J]. 生态学杂志, 2026, 45(5): 1642-1649.
[3]	梁玉刚, 匡炜, 戴力, 罗先富, 赵杨, 方宝华. 不同种养模式对水稻地上部生长特性及产量形成的影响 [J]. 生态学杂志, 2026, 45(4): 1265-1272.
[4]	董金阳, 姜海燕, 杨楠, 吴云菊, 张建华, 党海龙, 王志平. 气候变迁对内蒙古地区血红色钉菇适生性的潜在影响 [J]. 生态学杂志, 2026, 45(3): 977-986.
[5]	陈波, 赵欢, 胡岗, 范成五, 秦松. 有机物料配施对贵州水稻产量、品质及C、N、P化学计量特征的影响 [J]. 生态学杂志, 2026, 45(1): 150-158.
[6]	王安琪, 孙鲁沅, 马停停, 冯蒙蒙, 苏先楚, 朱君康, 刘佳, 林永新. 复种紫云英对稻田土壤N₂O排放潜势和反硝化基因丰度的影响 [J]. 生态学杂志, 2026, 45(1): 159-167.
[7]	亢涵, 袁梦, 宫璇, 王博石, 罗桥冰, 张晓蓉, 杨慧敏, 陈月, 巩宗强. 活化铁尾砂与不同添加量富硒矿粉配施对水稻富硒及生长的影响 [J]. 生态学杂志, 2026, 45(1): 256-265.
[8]	陈思意, 李军建, 殷雅欣, 单巧博, 郑春芳. 低温胁迫抑制桐花树幼苗光合作用的生理机制 [J]. 生态学杂志, 2025, 44(6): 1866-1873.
[9]	刘慧, 吴松瑾, 陈馨睿, 何海兵, 杨茹. 充氧和氮素形态对水稻根系生物学特征及镉累积的影响 [J]. 生态学杂志, 2025, 44(6): 1971-1979.
[10]	邹方方, 冀宏伟, 徐晓航, 刘琳, 曾杰, 韩佳良, 仇广乐. 叶面和土壤调理剂对贵州典型锑矿区水稻镉累积的影响 [J]. 生态学杂志, 2025, 44(6): 2000-2010.
[11]	刘双, 王鹏亮, 钟顺清. 汞胁迫对不同品种有色水稻根系生长及汞积累的影响 [J]. 生态学杂志, 2025, 44(5): 1561-1568.
[12]	苏娅, 王海娟, 王宏镔. 墨旱莲对镉的富集、耐性和光合响应 [J]. 生态学杂志, 2025, 44(5): 1581-1591.
[13]	何金松, 吴小红, 王卫, 闫文德. 不同水分管理对亚热带稻田土壤化学计量比和水稻产量的影响 [J]. 生态学杂志, 2025, 44(3): 920-929.
[14]	刘祎平, 张烨, 沈芳菲, 冯运好. 中国西北干旱丘陵地区的城市绿色空间网络构建：以兰州市核心城区为例 [J]. 生态学杂志, 2025, 44(3): 1048-1056.
[15]	李凯莉, 刘志华, 徐文茹, 焦珂伟, 于跃, 吕秋爽, 郭文华, 周思羽, 关如泓. 火后植被恢复研究进展 [J]. 生态学杂志, 2025, 44(12): 4159-4170.